En 1475, en Concejo de Villaconancio seguía perteneciendo a la Merindad de Cerrato y satisfacía de tributos 6.651 maravedíes.

En 1545, esta villa seguía perteneciendo, en lo eclesiástico, al Arciprestazgo de Baltanás, Arcedianato de Cerrato y Diócesis de Palencia.

En 1630, Domingo González Rioz, natural de esta villa de Villaconancio, desempeñaba el cargo de Escribano del Rey y del Número y Concejo del lugar de Cabezón, jurisdicción de la cuidad de Valladolid.

En 1752, Villaconancio era villa de señorío de la Provincia de Palencia, con Alcalde Ordinario. Pertenecía al Duque de Béjar. Las autoridades civiles de la villa eran las siguientes: Manuel Calvo, Alcalde Ordinario; José Villarrubia, Regidor y, Domingo Conde, Procurador Síndico General. La autoridad eclesiástica era Don Francisco Puerta, Cura Párroco. La población de esta villa era de 90 vecinos y había 84 casas habitables y 3 arruinadas. Existían dos molinos harineros, de una rueda cada uno, en el arroyo Maderón ( o Maderano) y veinte colmenares diseminados por el campo. El término de esta villa comprendía 3.679 obradas y cuatro cuertas de terreno; de las cuales, 700 eran de sembradura de secano, 2.287 de monte bajo de encina y roble, 31 de prados pastizales y, el resto, de páramos, laderas e inculto. Esta villa poseía, además, un término comunero llamado Los Alfoces, que disfrutaba, juntamente, con las villas de Cevico Navero, Antigüedad y Baltanás y con el Monasterio de San Pelayo de Cerrato, de la Orden de los Premostratenses. Dicho término de Los Alfoces tenía cinco leguas de circunferencia o perímetro.

En 1785, Villaconancio era villa de señorío secular del Partido de Cerrato en la Provincia de Palencia, con Alcalde Ordinario nombrado por el Marqués de Peñafiel.

A mediados del siglo XVIII, entre las familias residentes en esta villa, figuraban los que poseían, en otros, los siguientes apellidos: Aguado, Asensio, Ayuso, Benito, Cabezudo, Calvo, Cancho, Carrión, Conde, Díez, Encinas, Fernández, Flores, González, Jimón, López, Manuel, Matías, Mena, Muñoz, Niño, Portillo, Puerta, Quintero, Santa María, Valdearcos, Valle, Villahoz y Villarrubia.